Pôvodní obyvatelia Japonska sa na ostrovy dostali zhruba 7-8000 rokov pred našim letopočtom. Archeologické vykopávky dokazujú, že ľudia mali malé psy veľkosti 37 – 50 cm, ktorých lebky boli odlišné od lebiek psov nájdených v Európe. Pôvod týchto psov nie je známy, ale vedci sa domnievajú, že pochádzajú z Číny. V 3. storočí pred našim letopočtom prišla do Japonska nová vlna prisťahovalcov. Tento národ si taktiež priviezol svoje psy a v spojení so psami, ktoré sa už na ostrovoch nachádzali, vyprodukovali potomkov so špicatými, postavenými ušami a stočenými chvostami.
Písaná história Japonska začala v 6. storočí nášho letopočtu. V tomto čase Budhistickí mnísi priniesli z Číny písmo. A práve vďaka nemu máme zaznamenaný nielen vnútorný život Japonska, vznik panovníckeho dvora a bojovníckych tried samurajov, ale aj nariadenia úradu pre chov psov. V roku 1603 rodina Tikugawa centralizovala vládu na mieste kde dnes leží Tokio. Počas tejto vlády bolo Japonsko prísne uzatvorené pre cudzincov s výnimkou niektorých návštevníkov z Holandska a Číny. Až po 250 rokoch sa dostal k moci cisár Meiji, ktorý v roku 1854 otvoril Japonsko prílivu Americkej a Európskej kultúry vrátane psov rôznych plemien. V tomto čase tak došlo k masovému miešaniu pôvodných japonských, amerických a európskych plemien. Na začiatku 20. storočia existovali japonské psy v čistej forme len v niekoľko málo geograficky izolovaných lokalitách. V 30. rokoch nariadilo Japonské ministerstvo kultúry štatút Národná prírodná pamiatka nielen pre významné pohoria, faunu a flóru, ale aj pre pôvodné Japonské plemená. Najvýznamnejším človekom, ktorý sa zaslúžil o zmapovanie a identifikáciu Japonských plemien bol etnológ doktor Hyroyoshi Saito, ktorý cestoval po celom Japonsku a študoval pôvodné japonské psy. Jeho prvým poznatkom bolo, že psie plemená nemajú špecifické mená, ale že sú označované veľmi jednoducho podľa svojho využitia, a to INU= pes, JI-INU=prírodný pes, INOSHISHI-INU=pes na diviaky, SHIKA-INU=pes na jelene. Nájdené psy sa od seba líšili predovšetkým farbou srsti a veľkosťou a to hlavne podľa toho, aký bol vkus lovcov v tej ktorej oblasti a aké veľké psy pre svoju potrebu chceli vlastniť. Typom sa však na seba veľmi ponášali a tak Dr. Saito pomenoval pre rozlíšenie jednotlivé typy podľa miesta kde sa vyskytovali: AKITA INU žijúci prevažne v prefektúre Akita, HOKKAIDO KEn, SHIKOKU pochádzajúce z ostrovov Hokaido a Shikoku. Dr. Saito a malá skupinka jeho priateľov založili v roku 1928 klub pre záchranu Japonských prírodných plemien NIHON KEN HOZONAKI=NIPPO a v roku 1934 zverejnili finálnu verziu štandardu japonských prírodných plemien. Tento štandard pokryl všetkých šesť plemien, ktoré sú si vzhľadom dodnes veľmi podobné a líšia sa predovšetkým svojou veľkosťou a sfarbením, sú to: veľké= AKITA, stredné= HOKKAIDO, KAI, KISHU, SHIKOKU, malé=SHIBA. Do strednej skupiny patrí taktiež predstaviteľ hlavného hrdinu japonského televízneho seriálu „GORO-biely pes“. Jednalo sa tu pravdepodobne o plemeno KISHU INU alebo HOKKAIDO KEN, u ktorých je dovolená aj biela farba a sú mu taktiež najpodobnejší.
Mnohí sa domnievajú, že Hokkaido ken pochádza z ťažných psov, ktorí sprevádzali Ainov do Japonska okolo 10 storočia p.n.l. a že bol predkom všetkých veľkých japonských plemien. Napriek tomu nie je psom ťažným. Ďalšia domnienka predpokladá, že Hokkaido pochádza z Austrálie, ale je ťažké si predstaviť, že tento severský pes s hustou srsťou pochádza z tohoto teplého kontinentu. Reálnejšia je úvaha o mongolskom pôvode, podľa ktorého by Hokkaido mal mať medzi svojimi predkami čau čaua. Ainovia pravdepodobne prišli z oblasti susediacej zo Sibírou, subarktického hornatého územia Sichote Alin, ohraničeného na severe a západe veľriekou Amur. Východnú hranicu tvorí more v oblasti Sachalinu. Ainovia mali v každom prípade domestikovaných psov, ktorí im pomáhali pri love zveri a rých. Je takmer isté, že Hokkaido je pravdepodobne prvým alebo jedným z prvých psov prichádzajúcich do Japonska a zároveň psom, ktorý zostal najpôvodnejším. Okolo roku 700 p.n.l. boli Ainovia zatlačení Japoncami do nehostinných končín súostroví a t o na ostrov Hokkaido, ktorý je veľmi hornatý a sú tu kruté zimy. Na tomto ostrove zostali dlho izolovaní a preto si ich psy uchovali pôvodný charakter. Náboženstvo Ainov bolo založené na kulte medveďov a hokkaido bol používaný predovšetkým k ich lovu. Psom, ktorý Ainom pomáhali v tomto tradičnom rituálnom love, bola a je venovaná zvláštna starostlivosť.
Hokkaido v Európe a na Slovensku
Do Európy si prvú fenku Hokkaida a dva nepríbuzné psy priviezla asi pred 10 rokmi rodina pochádzajúca priamo z Japonska – dnes žijúca v Paríži. Títo traja jedinci založili prvých chov mimo Japonska. Do Českej republiky bola ako prvá z tejto chovateľskej stanice importovaná v roku 1993 tmavo sezamová fenka ICHI-HIME de TAKARA, ktorá sa stala úspešnou zakladateľkou českého chovu. O rok neskôr bol z tejto ch.st. importovaný pes JAKOB de TAKARA a zároveň pomocou japonských priateľov aj biela fenka Jakobinne Kuriyama Yonebayshiso priamo z Japonska. Títo traja Hokkaido úplne potvrdili svoje kvality ako na výstavách, kde získali veľa najvyšších ocenení, tak aj v chove. Na Slovensko bola prvá fenka Hokkaida EIKO Czech Jakobín privezená z ČR rodinou Čapkových z Bratislavy. Vo vrhu Hokkaida sa rodí pomerne málo šteniat, väčšinou 2-4 a tak nie je predpoklad masívneho rozšírenia tohoto vzácneho plemena.